Nienstedten ist Standort zweier Waldorfschulen, die durch ihre eigenständige Lehre überregionale Bekanntheit erlangt haben.
Raphael-Schule
Diese Heilpädagogische Waldorfschule liegt in der Straße Quellental, in einem historischen, 170 Jahre alten Landarbeiterheim. Sie ist eine Sonderschule im Ganztagsbetrieb mit zwölf Klassen, die jeweils von ungefähr zwölf Schülern besucht werden. Neben regulären Lehrinhalten gibt es ein anthroposophisches Therapieangebot sowie berufsorientierten Unterricht in der Oberstufe. Neben Klassenzimmern verfügt die Schule über Werkstätten, Schulgärten, Kunst- und Sporteinrichtungen. Die angebotenen Abschlüsse umfassen den Sonder-, Förder- und Hauptschulabschluss.
Rudolf-Steiner-Schule
In dieser Schule gelten die Lehren des Anthroposophen Rudolf Steiner. Unterrichtet werden etwa 480 Schüler, die sich das Gelände mit rund 80 Kindergartenkindern teilen. Die Schule wurde 1952 errichtet und erlangte 1970 die Unabhängigkeit, die bis dahin durch die übergeordnete Waldorfschule Wandsbek eingeschränkt worden war. Historischer Baukern ist die ehemalige Villa der jüdischen Familie Ephraim, die hier zwischen 1900 und 1918 lebte.
Mithilfe der Waldorfpädagogik, die weder Auslese noch Noten kennt, werden die Schüler hier bis zur Mittleren Reife, der Fachhochschulreife oder dem Abitur unterrichtet.
Wie alle Waldorfschulen wird auch die Rudolf-Steiner-Schule von einem gemeinnützigen Verein, bestehend aus Eltern und Lehrern, getragen.